Der Kirchenvorstand ist das oberste Leitungsorgan der Gemeinde. Der Kirchenvorstand der Wartburggemeinde besteht zur Zeit aus zwölf Mitgliedern, den Vorsitz hat der Pfarrer inne.

Der Kirchenvorstand verwaltet unter anderem das kirchliche Vermögen, vertritt die Gemeinde in rechtlichen Fragen, wählt die Pfarrer und Pfarrerinnen und beschließt alle weiteren Personalangelegenheiten. Weiterhin trägt er die Mitverantwortung für die Seelsorge und die Gottesdienstgestaltung und ist gemeinsam mit den haupt- und ehrenamtlichen Mitarbeitern für das Gemeindeleben verantwortlich. Außerdem entscheiden seine Mitglieder über die Nutzung und Vergabe von Gemeinderäumen und haben sich um den Erhalt der Kirchengebäude zu kümmern.

Zu den Aufgaben gehört auch die sorgfältige Verwaltung aller Gelder, wie Spenden oder für die Gemeindearbeit zur Verfügung stehende Kirchensteuermittel. Der Kirchenvorstand ist außerdem verantwortlich für den Kindergarten.